碧云寺始建于元至顺二年（1331年），原名碧云庵，至今已有600余年的历史。明正德九年（1514年）和明天启三年（1623年），太监于经和魏忠贤先后对碧云寺进行扩建，具有明代建筑特点的碧云寺基本形成。清乾隆十三年（1748年），乾隆皇帝对碧云寺进行了一次大规模的扩建，新建了罗汉堂、金刚宝座塔和水泉院，形成了现在的规模。