作为一座反映中国东北沦陷十四年历史的专题展馆，现阶段，东北沦陷史陈列馆共设置了“艰苦卓绝十四年——东北人民抗战史实陈列”、“侵华日军第一〇〇部队细菌战罪证陈列”以及“天地英雄气千秋尚凛然——缅怀东北抗日英烈和英雄群体”三个专题展览。