清乾隆年间，避暑山庄周边建起了许多寺庙。为提高众多喇嘛和蒙古各部喇嘛的文化素质，清廷于1760年在普宁寺东侧建立了札仓(寺院附属的经学院)，开讲显宗经学、密宗经学、历算学和医药学。 之后，经学院改建为普佑寺，附属于普宁寺，由普宁寺住持代管。 1964年的一场雷击火灾，正殿等大部分建筑付之一炬，只留下了山门及4座配殿。 走出巍峨庄严的普宁寺，步入有着大相径庭感觉的普佑寺，屹立不倒的老旧建筑，顽强地昭示着昔日的辉煌；宽大厚实的殿堂石座，动容地诉说着历史的沧桑…留下的，可都是寂寞呀。

普佑寺坐落在普宁寺之东，与普宁寺一墙之隔，坐北朝南。布局呈长方形。这座寺庙是普宁寺的一个附属寺院——喇嘛经的经堂，（藏语称扎仓），也是进行佛教活动的重要场所，是外八庙中别具特色的庙宇。山门与普宁寺山门平行，面宽五楹，进深三间，两侧设腰门。普佑寺山门面阔5间，进深3间，单檐歇山黄琉璃绿剪边瓦顶，正中门楣上嵌有乾隆御题“普佑寺”石匾。“普佑”是“广荫大千”之意。普佑寺现在暂停对外开放，未能进入拜谒。