辉河自然保护区处于大兴安岭山地森林向呼伦贝尔草原的过度带和草甸草原向典型草原的过渡带，集森林、草原、湿地于一体，具有低山丘陵、高平原、沙地、河谷等多种类型组合的地貌，使保护区呈现为类型多样、独特、结构复杂的自然生态系统。