该博物馆位于鹿儿岛县鹿儿岛市，分为本馆、别馆、旧考古资料馆。是在1914年4月于鹿儿岛县立图书馆内设置的博物部常任委员会开始，现在的本馆是从1981年1月开始使用。虽然是展示内容有理学、工学、自然、考古学，但是是作为鹿儿岛县立的历史考古学研究设施博物馆，另外有鹿儿岛县立埋藏文化中心、鹿儿岛县历史字俩中心黎明馆，是研究员的研究普及教育体制自然史系中心，对于菌类、昆虫、脊椎动物、植物、地质学、古生物学、天文学也有应对能力。