拉萨有句老话：“先有木如寺后大昭寺”，足以证明木如宁巴的悠久和珍贵。相传，木如宁巴建于赞普赤·热巴巾时期。17世纪时期，寺院有过扩建活动，并将其作为乃穷寺神巫在拉萨城内的一个落脚点，每年传召大法会期间，乃穷寺的僧众就会聚集在这里举行典礼。十三世时期又对其进行了大规模的修葺扩建，逐渐形成了我们今天看到的木如宁巴。