海事博物馆位于妈阁庙前，陈列大楼就是当年葡萄牙人登岸之地。博物馆造型像一艘船，昔日码头已改为广场，可以在水池玩遥控模型船，也可以坐上模拟潜水器体验潜水的感觉。博物馆分海事民俗展览厅、历史展览厅、技术展览厅、水族馆四个区域。一楼墙上有一幅巨型瓷砖画，刻画着各种罗盘方位标。海事历史展览厅能看到地理大发现时期葡萄牙航海家使用的船只模型。另外还有一座17世纪的立体模型，旁边展柜还有考古所得的沉船残件，一窥水下考古的奥秘。