花神庙丛葬地是侵华日军南京大屠杀的重要历史见证，具有极高的历史价值和深刻的教育意义。 从历史意义上看，1937年南京沦陷后，大量无辜军民在此惨遭杀害，南京红卍字会等慈善团体及当地村民在此掩埋了众多遇难者尸体，这是侵华日军暴行的铁证，时刻提醒人们铭记那段惨痛历史。 从纪念意义上讲，世纪之交竖立的纪念碑，庄严肃穆，是人们悼念遇难同胞、寄托哀思的重要场所，承载着民族的伤痛和对和平的祈愿。 从教育价值来看，它是开展历史教育、爱国主义教育的生动教材，让人们深刻认识到战争的残酷和和平的珍贵，激发人们为国家富强、民族复兴而努力的决心。 不过，在城市建设过程中，其周边环境发生了较大变化，部分居民对其了解不足，一定程度上影响了人们对这段历史的认知和纪念。但总体而言，花神庙丛葬地的历史地位和价值不可磨灭。