南京龙王庙的历史可以追溯到元代，自清代以来，这座寺庙便与皇家产生了紧密的联系。康熙皇帝南巡时曾在此驻跸并题写匾额，而乾隆皇帝更是对这里情有独钟，据记载，他在位期间曾五次入住于此。