国清寺的历史与如东掘港的成陆几乎相同。唐朝初年，一道捍海围堤把掘港与海滩分开后，国清寺便带着人们对太平盛世的期盼应运而建。掘港国清寺是在唐朝宗宪年代建起来的，来建的和尚名叫行满，是天台山国清寺的第十代祖师，所以掘港的国清寺和天台山的国清寺是一个名字，原来的结构方式也只是一个模式。行满法师在建筑佛寺时，曾有"寺若成，国即清"之说，然而，这座在历史长河中跌宕起伏千年的古刹，并没有像行满法师所期望的那样清净太平。