灵塔殿位于扎什伦布寺内，这座灵塔内存放着圆寂于1989年的十世班禅大师的遗体，他的塑像立于灵塔前，灵塔顶部绘有曼陀罗的图案，墙上绘有真金佛像。据说1989年班禅大师在阔别日喀则很长时间之后回到扎什伦布寺，看到这里有3栋主要的建筑，只有中间空了一块地方，便说可惜。没想到一语成谶，他就在几天后因辛劳过度而圆寂，后来他的灵塔殿就修在了这个地方。