清修寺旧名塔庵，宋仁宗宝元元年(1038年)始正式建寺，治平豆年(1066年)宋英宗赐。南宋建炎三年(1129年)金兵过江，高宗赵构仓皇南逃，舟至海门，登清修寺，北望椒江，东大海，诗兴大发，索笔书“清修风景千年在，沧海烟岚一笑开”作为楹联，又在僧房题写了两首绝句。其一云:“古寺青山春更妍，长松修竹翠含烟。汲泉拟欲增茶兴，暂就房借眠。久坐方知春昼长，静中心地自清凉。人人圆觉何曾觉，但见勤劳尽日忙。”历代寺院有兴有衰，历经年月，寺院衰退。直至1987年5月，由释了安法师带领信众重修金刚殿、大雄宝殿、三圣殿、观音殿及新建藏经楼、寺院厢房等设施。