南普陀寺藏经阁位于寺院的最后面，是南普陀寺的后照楼，她为二层三重檐建筑，建筑气势恢宏，建筑一层两侧的耳房是香客供奉屋，在那里供奉着香客请的成千上万座佛像，体现了佛教信徒的信仰和善心。这座大殿位山而建，门前有高高的台阶，非常有气魄。

南普陀的香火鼎盛，明天都有络绎不绝的香客从全国五湖四海赶来，有很多翻新的建筑，木质结构非常大气典雅，和这里的氛围和谐，藏经阁很高，不可以上去。