运河博物馆其实应该叫做安平海关博物馆才对，因为整个介绍的都是海关的设立、移址，并不是讲的运河开凿过程。在清朝“天津条约”之后，台湾开埠，安平港设立海关，便在这栋小屋里。但在日踞时期，随着运河的开通，海关移至新址，老旧的小屋便一直弃置在这里，直到2005年成为运河博物馆。

台南運河博物館位在安憶橋畔，因佔地面積不大，並不顯眼，若非徒步，極容易被忽略，但若有機會走近一看，卻會發現是屋宇庭園美觀的歷史博物館。