舫山书院位于马巷书院路45号院内。据朱振仲《舫山书院重修记》记载，舫山书院创建于清同治六年（1867年），深三进，左右护厝，后一文昌楼。迄光绪三十一年（1905年）废除科举制度，改书院为学堂。嗣于此创办黎明女校，附设平民夜校，终为马巷中心小学校舍等。早期地下共产党人与左派进步人士彭友圃、高云览等人，曾借此开展革命活动，并向学员灌输革命思想。据王根绵和许兴盛的文章记载，当时担任马巷厅通判的鲍复康带头捐银，历时两年半建成。

书院设山长一人，他是主持人兼主讲；并设出纳一名，负责全院财务；斋长一人，负责接应事务；稽查一人，负责查察是非得失；另有负责收取土布厘税的总务及院丁、打扫夫各一名。其中对山长的延聘有严格的规定：其出身，不是进士，也得举人，并须品学兼优。规定由绅董物色，集众议妥，然后报官行文致聘。即使官府举荐，也须公议妥洽，不得徇情滥聘。当时马巷有句谚语：“经师易遇，人师难逢。”经师是指那些只能给人知识，而不能陶冶品行的教师。人师则是德行、才识卓越，可作人们表率的人。可见书院十分注重山长的选择。

生童要进入书院受业，须经过甄别考试。每年二月初一，由厅通判主考，根据文章优劣决定录取与否。因为书院经费主要依靠本境的土布厘税，所以只准厅辖生童应考，不收境外子弟。但又规定凡外地人来马巷设塾授徒者，也准予到书院参加考课，以表示对师长的尊敬。生童被录取后，称“在课”，每年接受二十次考课。即除十二月、一月放假外，其余每月朔日（农历初一）由官府主持闭门考试，称“官课”；望日（农历十五）由山长命题考试，称“师课”。每次考课均取录一定名额给予奖赏：秀才每次选超等八名，特等八名；童生每次选上取十名，中取十名。对于超等秀才和上取童生，除每人奖给膏火钱四百文外，第一名加赏四百文，第二、三名各加赏一百文。对于特等秀才和中取童生，各给膏火钱二百文。其余的一等秀才、次取童生则不发给膏火费。考课有严格的考规，如限定时间交卷，发现抄袭范文三句以上，彼此雷同四五句以上者，一律给予开除处分。书院还规定，生员若因伤病去世，家境萧条者，可向院方申请救济。名额不超过四个，每名每月给钱一千文。

舫山书院于同治八年（1869年）八月建成并开始讲学，数年间发展很快。光绪元年（1875年），通判洪麒绶就称“扃试生童数百辈”，而“每届秋试领乡荐者并不乏其人”。这说明当时在舫山书院毕业的生童多而且卓有成效。洪麒绶主持“官课”之后，每篇课艺都加以批阅，并于1875年春精选若干篇，刻印《舫山书院课艺》。四月，《舫山书院课艺二刻》付梓。仲秋，又出版《新刻舫山书院课艺》。然而，如此规模的一座书院只有二十年鼎盛时期。随着清末“废科举，兴学堂”的变革，书院制度宣告终结。光绪三十一年（1905年），由洪鸿儒、洪湛恩、陈宗英等发起，把舫山书院改成学堂。

对联

舫山风雨久经光华依旧，书院斯文墜盛世增新

旾风化雨潤蕙滋蕙蘭千秋功，理学纳新承前启后万古驰名

七载为官三代謚封士林赞颂，四书集注千秋传颂文范流芳

学海无涯乘风破浪，书峯有径壮志登高

文笔生辉芳芳书阁，昌邦开泰朗朗书声