南京科技馆分为展览影视区、青少年活动区、茶园观赏区和湿地休闲区四个部分。科技馆主体馆由常设展厅、非常设展厅和会议交流报告厅组成。常设展厅打破以往的传统理念，以天、地、人为主线划分为四个楼层。设置宇宙探秘、智慧主人、地球万象、创造天地、儿童科技乐园五大主题展区和公共安全教育展馆。