馆内展厅共分三层，主要由一楼的原始社会——南北朝时期展厅、隋唐五代时期展厅、运河厅，二楼的两宋时期展厅、元明清时期展厅、百年老店、临时展厅，三楼的邮票展厅、书画厅组成。陈列品以历年杭州出土的珍贵、精品文物为主，全面又重点地反映了杭州的历史面貌，并运用先进的声、光、电技术丰富展示效能，营造出了感性直观的游览认知氛围。