始建于宋元丰元年，时任蒙城县令、秘书丞王竞主持修建，并请后世在文学史上被称为唐宋八大家之一的苏轼撰写了《庄子祠堂记》，此文收录在《苏东坡全集》中，现存残碑一块。明朝天顺年间，原庄子祠被洪水淹没，明万历八年，也就是公元1580年，时任知县吴一鸾于县城东关，今县棉麻公司院内重建庄子祠。重建的庄子祠规模宏大，蔚为壮观。有逍遥堂、梦蝶楼、卷蓬、道舍和鱼池桥等建筑。明崇祯五年，也就是公元1632年，时任知县李时芳重修逍遥堂，始建五笑亭和观鱼台，并镌刻“庄周故里”立于祠堂前。文革期间拆除，现祠是1995年重建。

庄子祠位于蒙城涡河北岸，是为了纪念一代先哲庄子而修建的园林式建筑群，免费向公众开放，是了解庄子，凭吊庄子的绝佳场所。