草间弥生美术馆的整栋建筑地下设有一层，地上五层。地面一层将是入口和礼品商店，二、三层将作为展区展出草间弥生的艺术作品，四层将用于放置草间弥生那些知名的沉浸式装置艺术，比如在展示巡回全球皆受到广大好评的《无限镜屋》系列。五层将作为阅览室，所有关于草间弥生生平的资料与创作文献等都将储存于此，同时顶楼还设有一个室外区域。