肇源博物馆分为基本陈列和专题陈列，基本陈列利用白金宝遗址、小拉哈遗址、望海屯古城、大青山古战场、衍福寺双塔等考古资料，全面展示肇源从古至今的历史发展进程。专题陈列设有肇源古动物化石、肇源大地革命英烈、肇源民俗、“98”抗洪、前进中的肇源5个展区。