又名西域寺，其全称为西域云居禅林，位于北京房山南尚乐水头村，距城75公里，依山而筑，坐西朝东，中路有五层院落，六进殿宇。两侧各有砖塔一座。

寺为隋代幽州智泉寺僧静琬所建。原有建筑在抗日战争期间已毁，仅存塔数座和藏经洞中的石经。1961年云居寺塔与石经被公布为第一批国家重点文物保护单位。

静琬承其师傅慧思遗志，从隋大业年间至唐贞观十三年（公元639年）圆寂，三十年间刻经不缀。云居寺东北方石经山有藏经洞，收藏所刻经板。静琬圆寂后，历代有人续刻。唐玄宗曾把《开元大藏经》赐给云居寺作为刻用底本，辽代时则使用《契丹藏》作为底本。这两部藏经现均已佚失，云居寺的房山石经就成为了校勘其他版本佛经的最好资料。自隋朝到明代，共开凿藏经洞九个。藏石经板四千一百九十五块，。辽金时又在寺南侧六坐。挖穴，埋藏经板一万零八十二块，为世界规模最大的佛教经藏。纸经藏22000多卷，为明代刻印本和手抄本，包括明南藏、明北藏和单刻佛经等。而其中的《大方广佛华严经》为妙莲寺比丘祖慧刺破舌尖血写成，被誉为“舌血真经”，尤为珍贵。《龙藏》木经始刻于清朝雍正十一年（1733年）至乾隆三年（1738年），存77000多块，内容极为丰富，是集佛教传入中国2000年来译著之大成。堪称我国木板经书之最。世界上现存两部汉文大藏经，一部为云居寺现存的《龙藏》，另一部是韩国海印寺的《高丽藏》。

辽天庆七年（公元1117年），在穴旁筑塔，即云居寺南塔，也称压经塔。现存的北塔，叫舍利塔或罗汉塔，高30米，塔身二层锥形顶，也是辽代所建。四角尚存四座唐代方形小型塔。除去石经，云居寺还保留有有唐代佛塔7座，辽代佛塔5座。

有一唐代金仙公主塔，其塔后壁刊刻记载唐玄宗赏赐佛经和田产的历史经过。唐开元十八年（730年），唐玄宗应第八妹金仙公主的请求，赐云居寺《开元大藏经》新旧译经4000余卷与大片的田园山场。莫州吏部常选王守泰则是为感念金仙公主的功德，借用石塔后壁，将这一善举刊刻其上。

1981年11月27日，在对藏经洞之中的雷音洞进行修复时，意外发现了一个套函，其中藏有两颗释迦牟尼肉身舍利。这是世界上唯一珍藏在洞窟内而不是供奉在塔内的舍利，与中国北京八大处的佛牙、陕西西安法门寺的佛指，并称为“海内三宝”。