总兵府是明清时代南澳总兵的衙署，初期建于明朝万历四年（1576年），由当时的南澳副总兵晏继芳建造，现在的建筑是于1933年重新建造的。总兵府前现遗存有八千斤，六千斤土炮各一尊。此外，府前还有两棵大榕树，据说已有410年的树龄，其中一棵树围达14米，枝叶繁茂，生机旺盛，相传明朝末年郑成功曾在树下讲演。所以这树后人又称“招兵树”。府内右侧院墙上镶嵌着23块历代南澳保存的古碑，其中一块是中国较早的港务约法，一块税务碑，具有重要的历史文物价值。